SMAK St. Louis 2 Surabaya berdiri pada tahun pelajaran 1980-1981 yang diprakarsai oleh Romo R.I.Suharto, dari tarikat imam Congregasi Misi selaku ketua yayasan Mardiwidjana pada waktu itu. Secara kebetulan suster-suster Congregasi Putri Kasih memang sangat menginginkan berdirinya suatu SMA Katolik di kawasan Sawahan Surabaya. Oleh karena itu yayasan Mardiwidjana bekerjasama dengan suster Tarsisia dan Letitia dari Conggregasi Putri Kasih merintis pendirian sekolah baru diberi nama : “SMA KATOLIK ST LOUIS 2 SURABAYA”. Sementara menempati sebagian dari ruang-ruang kelas SD Katolik DON BOSCO, Jl. Tidar 113 Surabaya.

Dua tahun kemudian, tahun 1982 Yayasan Mardiwidjana Surabaya mendirikan gedung sendiri, berlantai tiga, di komplek panti asuhan DON BOSCHO Surabaya, Gedung tersebut dipakai SMK St. Louis Surabaya.

Pada tahun 1985 Yayasan Mardiwidjana Surabaya berganti nama menjadi Yayasan Lazaris Surabaya

Selanjutnya pada 1987 Yayasan meneruskan pembangunan tahap kedua yaitu gedung baru khusus SMA Katolik St. Louis 2 Surabaya, letaknya bersebelahan dengan gedung tahap yang pertama. Gedung tersebut berlantai empat, meliputi : Laboratorium Biologi, Laboratorium Kimia, Laboratorium Fisika, Ruang Perpustakaan dan sebagainya.

Pada tahun 1994 Yayasan meneruskan pembangunan tahap ketiga berupa 10 ruang kelas, Ruang Doa, 1 perpustakaan. SMA Katolik St Louis 2 Surabaya hidup berdampingan dan bekerja sama dengan sekolah-sekolah lain, khususnya dengan sekolah-sekolah yang dikelola Yayasan Lazaris yaitu SMAK St. Louis Surabaya, SMK St. Louis Surabaya dan SDK St Aloysius Surabaya, SDK St Vincentius, TKK Taman Harapan, SMPK Bukit Raya Kalimantan.