SMAK St. Louis 2 Surabaya berdiri pada tahun pelajaran 1980-1981, diprakarsai oleh Romo R.I.Suharto, dari tarikat imam Congregasi Misi selaku Ketua Yayasan Mardiwidjana. Secara kebetulan suster-suster Congregasi Putri Kasih memang menginginkan berdirinya SMA Katolik di kawasan Sawahan Surabaya. Oleh karena itu Yayasan Mardiwidjana bekerjasama dengan Suster Tarsisia, PK dan Suster Letitia, PK dari Conggregasi Putri Kasih merintis pendirian sekolah baru diberi nama : “SMA Katolik St. LOUIS 2 Surabaya”. Sementara menempati sebagian dari ruang-ruang kelas SD Katolik Don Bosco Jl. Tidar 113 Surabaya.

Dua tahun kemudian, tahun 1982 Yayasan Mardiwidjana Surabaya mendirikan gedung sendiri, berlantai tiga, di komplek panti asuhan DON BOSCHO Surabaya, Gedung tersebut dipakai SMK St. Louis Surabaya.

Yayasan Mardiwidjana Surabaya berganti nama menjadi Yayasan Lazaris Surabaya.

Yayasan meneruskan pembangunan tahap kedua yaitu gedung baru khusus SMA Katolik St. Louis 2 Surabaya, letaknya bersebelahan dengan gedung tahap yang pertama. Gedung tersebut berlantai empat, meliputi : Laboratorium Biologi, Laboratorium Kimia, Laboratorium Fisika, dan Ruang Perpustakaan.

Yayasan meneruskan pembangunan tahap ketiga berupa 10 ruang kelas, Ruang Doa, dan Perpustakaan serta gua Maria

Yayasan meneruskan pembangunan pendopo dan kolam ikan.

Pembangunan parkir guru dan gerbang sekolah, renovasi kamar mandi putri dan putra lantai 1, pembangunan kamar mandi putri lantai 2, renovasi gua Maria menjadi taman doa, renovasi kantin sekolah, penataan taman di halaman sekolah.

Yayasan meneruskan pembangunan lapangan basket baru, penataan ulang taman di halaman sekolah, pemindahan ruang perpus ke lantai 3 sedang ruang perpus lama digunakan untuk aula, pembangunan panggung.